呼吸机辅助通气与自主呼吸不同，吸气时的气道正压对呼吸的生理，血流动力学以及重要脏器的灌注均可产生不利的影响。主要的并发症包括呼吸机相关的肺损伤，如气压伤，系统性的空气栓塞还有弥漫性肺损伤；呼吸机相关肺炎，在诊断和治疗方面有一定的困难，以及合并心力衰竭、糖尿病等疾病，导致治疗失败甚至死亡；吸入高浓度的氧也可以会引起氧中毒。