呼吸机在医院中使用是非常频繁的了，所以更是要经常进行清洁和使用完后的保养，呼吸机是可以分为两端，有病人端还有进气端，这两个端口是很敏感的位置，所以必须保持清洁，进气端有过滤海绵，海绵要经常清洗和更换，这一端的主要作用也是为了过滤灰尘，日常我们正常呼吸的就是这种空气，所以大可不必担心，对于病人端就复杂一些了：
呼吸机内要将干净柔软的棉布用洗涤剂或肥皂水浸湿擦掉机器外表面的尘土，然后再用柔软的干布擦干。清洁过程中，不允许任何液体进入机器内部，否则将导致机器损坏甚至造成漏电短路等危险。
接触病人的部件，如：呼吸管道、皮囊、吸气口、呼气口、外置传感器等，可以拆下来放到水中清洗、消毒。
首先用中性洗涤液洗净可能附着在管路内壁上的污物，要特别注意清洁管道中的痰痂、血渍、油污及其它赃物残留，然后用清水冲洗干净。
与病人相连接的部件还要在浓度为70%的医用酒精中浸泡1小时，晾干后才能进行消毒处理。
消毒方法1：将清洗干净的呼吸管道、面罩等物品浸泡在消毒液中30 ～ 60分钟（注意硅胶制品浸泡时间过长易于损坏）。常用消毒液有新洁尔灭溶液、过氧已酸、84消毒液等，浸泡后用灭菌盐水或蒸馏水冲净管路内外的消毒液，悬挂晾干。
消毒方法2：将清洗干净的呼吸管道、面罩等物品置于环氧乙烷消毒箱内按常规消毒。
如果病人为传染病患者，还要将清洗消毒部件在浓度为70%的医用酒精中浸泡1.5小时后重复上述消毒处理。